Tuổi thơ của ông không được êm đềm như nhiều vị đế vương khác. Akbar ra đời vào ngày 15 tháng 10 năm 1542 (đầu sáng ngày thứ tư của Rajab, 949 AH) ở thành Umarkot của người Rajput ở Sindh, nơi Humayun và cô vợ mới cưới là Hamida Banu Begum ẩn náu.[cần dẫn nguồn] Humayun đặt cho đứa bé cái tên mà Humayun đã nghe trong giấc chiêm bao ở Lahore, Jalalu-d-din Muhammad Akbar Ghazi [13]

Humayun vốn đã sang sống lưu vong tại Ba Tư, khi đất nước bị thủ lĩnh người Pashtun là Sher Shah Suri đoạt mất.[14] Hơn nữa, mẹ của ông, Hamida Hanu Begum không phải là hoàng hậu chính thức của Humayun mà chỉ là một nữ tì trong cung đình Mogul (còn hoàng hậu của Humayun đã bị Sher Shah Suri cướp đi).[15] Mặc dù vậy, Humayun vẫn đặt trọn niềm tin vào người con trai, niềm hy vọng duy nhất của mình và của cả tương lai vương triều Mogul. Akbar không đến Ba Tư với cha nhưng khôn lớn ở làng Mukundpur tại Rewa (ngày nay là Madhya Pradesh). Lúc này, Akbar sinh sống cùng với hoàng thân Ram Singh, sau lên làm Maharaja xứ Rewa, và trở thành bạn đời của người này. Về sau, Akbar chuyển đến phần lãnh thổ phía đông của Đế quốc Safavid (phần lãnh thổ Afghanistan ngày nay) nơi ông được nuôi dưỡng bởi người chú Askari.

Theo "Thập đại tùng thư", Humayun đã cho vời những sư phụ giỏi nhất để dạy võ, dạy bắn cung tên, cưỡi ngựa cho Akbar.[15] Bản thân Akbar cũng không phụ lòng tin của vua cha. Ông rèn luyện hết sức chăm chỉ và nhanh chóng trở thành một chiến binh xuất sắc, dũng cảm và mưu lược.[15] Đặc biệt, ông rất ham thích môn bắn cung và sau này đã trở thành một xạ thủ xuất sắc. Tuy nhiên, do phải sống cuộc sống nay đây mai đó với song thân, Akbar đã không có điều kiện để học chữ[15]. Thật vậy, Akbar là một vị vua mù chữ hoàn toàn và đó là điều khiến ông cảm thấy hối tiếc suốt cả đời. Bù lại, chính cuộc sống long đong vất vả đó đã dạy cho Akbar thuật làm vua chúa, và sau này nhờ nhiều phương pháp khác nhau, Akbar đã học thêm được rất nhiều tri thức, những thứ tưởng như một người thường không thể học nếu thiếu sách vở.[15]

Năm 1555, với sự giúp đỡ của triều đình Ba Tư, Humayun cuối cùng đã đánh bại nhà Sur và khôi phục lại đất nước. Nhưng rồi, cảm thấy mình khó sống thêm được lâu nữa, ông quyết định lập Akbar làm Hoàng thái tử và giao cho đại thần Bairam Khan làm nhiệm vụ nhiếp chính[15]. Quả nhiên, nửa năm sau Humayun lâm bệnh qua đời. Akbar trở thành padshah ("Hoàng đế") khi mới 13 tuổi.[4]

Cái tên Akbar

Tên khi sinh của Akbar của Badruddin Mohammed Akbar. Từ Badruddin nghĩa là trăng tròn, mà sở dĩ có cái tên này là do Akbar sinh vào một đêm có trăng tròn.[cần dẫn nguồn] Ông trùng tên với người ông ngoại Shaikh Ali Akbar Jami. Sau khi Humayun chiếm Kabul ngày sinh và tên của Akbar được thay đổi nhằm xua đuổi những phép thuật tà ác nhằm vào Akbar.[16] Giai thoại kể rằng cái tên Akbar, nghĩa là "Đấng chí tôn" là do thần dân Ấn Độ đặt cho ông. Trên thực tế thì khi sinh ra ông đã được đặt tên Akbar theo tên ông ngoại ông.[cần dẫn nguồn]